يضم قسم ثانوية البنين مصلى تقام فيه صلاة الظهر يوميا  ليضفي على المكان ومن حلّ فيه تلك الحلّة الروحانية و الإيمانية  , حيث ينهل الطلاب بعد صلاتهم من تلك االمعارف الربانية والمبادئ والأخلاق الإسلامية .